進入了明治時代曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健 飾）已經習慣了神谷道場的安寧生活誰知就在這一天倒幕戰(zhàn)爭時的舊友——號稱維新三杰之一的大久保利通（宮澤和史 飾）將其請去原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實（藤原龍也 飾）當年被新政府背叛僥幸活下來的志志雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃大久保死后深感背負不可推卸責任的劍心只身上路在途中不僅偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳 飾）還在新月村和志志雄有了第一次的遭遇與此同時相樂左之助（青木崇高 飾）、神谷薫（武井咲 飾）、明神彌彥（大八木凱斗 飾）、齋藤一（江口洋介 飾）也相繼趕往京都陰云密布的時代醞釀著一場席卷全國的風暴…… 　　本片根據和月伸宏的經典漫畫原作改編